Sur les hauts plateaux situés au centre de l'île, à une altitude moyenne de 1200 mètres, les températures sont plus fraiches que partout ailleurs, notamment la nuit (en particulier à Antsirabe, Fianarantsoa et dans l'Isalo). C'est dans l'ouest que les températures sont les plus élevées. La partie orientale de l'île connaît de fortes précipitations, avec un taux d'humidité important. À Madagascar, il existe 2 saisons. La saison des pluies - relativement marquée dans l'est du pays - qui s'étend de novembre à mi-mars. À cette période, les fortes crues rendent un certain nombre de pistes impraticables et altèrent le bon fonctionnement des bacs. La saison sèche d'avril à mi-novembre reste la période la plus favorable pour explorer les différentes régions de l'île.